現在科研、質檢部門對于菌落計數器的要求越來越高，除了軟件功能，另外一點也不得不提，那就是操作。現在越來越講究人機結合的舒適性，講究產品功能的強大和操作的簡單化成反比。對用用戶來說才算是真正解放。
1.儀器應放置在平整牢固的實驗臺上使用。
2.點數菌落時，計數筆不要過于傾斜，輕輕點下至有彈跳感，聽到“嘟”聲即可，如點按過重，易損壞計數筆。
3.一般選擇每個平板上長有30-300個菌落的稀釋度計算每毫升的含菌量較為合適。
4.同一稀釋度的三個重復對照的菌落數不應相差很大，否則表示試驗不。
5.為了減少誤差，同一稀釋度重復對照平板建議不要少于3個。
6.計數稀釋度平板的菌落數與上下相鄰稀釋度平板的菌落數基本呈10倍量關系，否則表示稀釋度不準確。
7.儀器應防潮、防劇烈震動、防直接日光暴曬、防酸堿侵蝕，用后應加防塵罩。
8.注意防止細菌污染計數池。
9.如菌落計數器發生不計數的問題，可按檢驗鍵。如計數，說明計數筆壞。如仍不計數，說明儀器本身有問題，若發現故障，請不要隨意拆卸，應請有經驗的技術人員檢修，或由本廠檢修。
做完以上準備工作后，請按以下步驟進行使用。
1.將計數筆插頭插入儀器上的插孔內。
2.將電源插頭插入220伏電源插座內。
3.將電源開關撥向“開”，計數池內燈亮，同時數字顯示應為“000”，表示允許進行計數。如數字不為“000”，應按復零鍵。
4.記錄數字后取出培養皿。按復“0”鍵，顯示恢復“000”，為另一培養皿的計數作好準備。
5.將待檢的培養皿(皿底朝上)，放入計數池內。
6.使用計數筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數。每個數一個應聽到“嘟”聲才說明有效，否則應重點。此時，點到的菌落被標上顏色，顯示數字自動累加。
7.用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏，計數即已完畢。
8.顯示的數字即為該培養皿內的菌落數。
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